Ao contrário da música Riacho do Navio, de Luiz Gonzaga (O rio São Francisco vai bater no meio do mar…), a realidade atualmente é inversa. É o mar quem está no meio do rio. O encontro de um com o outro é o curso natural, mas tem que ser harmonioso.
Devido a diversos fatores, como o assoreamento no rio e em seus afluentes, supressão das matas ciliares e a desertificação, a vazão do Velho Chico sofre influência. Com o nível mais baixo, a sua força diminui, permitindo a entrada da água salgada. O saldo é aumento da salinidade, especialmente na foz do rio, pela presença da água salgada, o que interfere na saúde da população abastecida pelo São Francisco. Várias espécies próprias do mar, hoje, são encontradas nas águas são-franciscanas.
O CBHSF tem investido fortemente em projetos de recuperação hidroambiental, com atenção especial às nascentes, com o firme objetivo de oferecer água nova para o rio, uma real e urgente necessidade para a revitalização do São Francisco. Além disso, o CBHSF integra um grupo de trabalho, criado pela Agência Nacional de Águas, para discutir com todos os representantes dos estados inseridos na bacia hidrográfica, uma nova matriz energética para o rio e maneiras diferentes para regular a vazão dos reservatórios. O CBHSF tem cobrado, de forma persistente, o cumprimento da legislação ambiental, a qual estabelece a vazão mínima do rio em 1.300 metros cúbicos por segundo (m³/s) para a sobrevivência do rio da integração nacional.