Os mangues não estão na lista dos ecossistemas mais charmosos ao longo do Velho Chico, mas com certeza é um dos que possui maior biodiversidade e relevância para o rio. Típico de regiões tropicais e subtropicais, o manguezal ou mangue é um ecossistema costeiro que faz a transição entre os ambientes terrestre e marinho.
Com suas úmidas terras, os manguezais são o lar das mais diversas espécies de peixes e mariscos. A vegetação lamacenta também é habitat de mamíferos, repteis e invertebrados, como o caranguejo, por entre as árvores de raízes profundas que se fixam ao solo lodoso.
Os mangues do rio São Francisco estão na área de Mata Atlântica, nos estados de Alagoas, Sergipe e Bahia, e são considerados importantes sítios de desova de algumas espécies de tartaruga-marinha.
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