A região que compreende a bacia do rio São Francisco é um riquíssimo depósito mineral. Ela detém grande parte dos números atividade mineral do país, ainda que, as principais reservas estejam localizadas no Alto Rio das Velhas.
Para ter uma boa ideia em relação à atividade mineral, de um total de 11.600 títulos minerários ativos, 2.320 fazem parte da bacia. Isso também significa que esse setor é um grande usuário da água do rio São Francisco e, além do mais, cerca de 40% dessa atividade ocorre de forma clandestina.
Essa atividade causa ao rio fortes impactos como o rebaixamento de lençóis freáticos, assoreamento, contaminação das águas, do solo e do ar, além do alto gasto da água.
Alguns casos, como o rompimento ocorrido na barragem de contenção dos rejeitos de uma mina de ferro, em meados de 2001, ou ainda a contaminação por metais pesados provocada pela industrialização de zinco, ocasionaram uma desastrosa poluição e a mortandade de toneladas de surubins.
A expansão da atividade mineral desordenada acabar por trazer prejuízos à região, principalmente aos biomas cerrado e caatinga. É preciso propor alternativas estratégicas para enfrentar a situação atual de mineração sem ocasionar o desequilíbrio do meio ambiente.