A bacia do rio São Francisco se divide em quatro regiões: alto, médio, sub-médio e baixo. O alto São Francisco se estende das nascentes até a cidade de Pirapora e situa-se em Minas Gerais. A vegetação é constituída de florestas e cerrados e é no verão que as chuvas acontecem. O clima da sub-região é tropical semi-úmido e temperado em alguns locais.
Já o médio São Francisco segue de Pirapora à cidade de Remanso e é uma área pouco modernizada, dominada pela atividade pecuária. Situa-se nos estados de Minas Gerais e Bahia. Suas condições climáticas se resumem a uma sub-região tropical semi-árida, com chuvas no verão e com vegetação cerrado, caatinga e algumas pequenas matas serranas.
O sub-médio São Francisco compreende o trecho entre Remanso e Paulo Afonso e abrange os estados da Bahia e Pernambuco. O clima da região é tipicamente semi-árido e a caatinga predomina em quase toda a área.
Por fim, o baixo São Francisco vai de Paulo Afonso ao foz, o baixo do São Francisco situa-se em áreas dos estados da Bahia, Pernambuco, Sergipe e Alagoas. Nesta região ocorre uma nítida oscilação na distribuição de chuvas, com concentração no inverno. Sua vegetação é regida por caatinga e mata e o clima é tropical semi-úmido.
Os impactos em cada sub-região do São Francisco.