As modificações provocadas pelo homem nas águas e na vegetação da bacia hidrográfica do rio São Francisco trouxeram alguns danos não só ao rio, mas a toda região.
Assoreamento, desmatamento, erosão e a poluição são os principais problemas enfrentados pelo rio e pela população ribeirinha, e o resultado disso influencia na natureza e na atividade econômica do local.
Os projetos de irrigação e a agricultura causam o desmatamento da mata ciliar e, na ausência dessa mata, todos os vestígios vão para o leito do rio causando o assoreamento. A vegetação nativa já está bem abaixo do que estava em 1970, quando cobria 85%. Em 1990 ela já estava reduzida a 35%.
É como um efeito dominó, o desmatamento seca as nascentes e causa erosão, resultado de desprendimento e arraste das partículas do solo que vão parar no rio, juntamente com todo o resto de poluição. Esses problemas acabam desequilibrando a natureza, diminuindo a quantidade de peixes e destruindo com o solo, onde a população faz sua plantação, muitas vezes para a própria sobrevivência.