Na maioria das vezes, um rio nasce depois de chuvas em regiões montanhosas. As águas do rio, que ainda está para nascer, escorrem pela superfície ou se infiltram no solo através dos espaços vazios entre as rochas, até encontrarem uma área impermeável, formando um lençol freático.
O lençol freático flui subterraneamente acompanhando o desenho do relevo, mas, com o tempo, alguns pontos da superfície ficam muito desgastados pela erosão, permitindo o brotamento das águas subterrâneas, que é quando nasce o rio.
Alguns acidentes geológico, como os terremotos, também fazem o lençol aflorar na superfície, dando origem a um manancial ou olho-d’água. Quando um rio chega perto do final do seu percurso, ele flui lentamente, já que o terreno é plano e a água não tem força para carregar pedras, apenas areia, quando finalmente, deságua no mar.
Com o intuito de proteger a área, as espécies raras em extinção e as nascentes das bacias como a do rio São Francisco, foi criado o Parque Nacional da Serra da Canastra, em Minas Gerais.