O ecoturismo é uma atividade econômica que usa os recursos naturais e promove a educação ambiental. Isso significa que durante o percurso, além do passeio, os turistas aprendem práticas de preservação. O rio São Francisco é procurado pelos turistas por ser um rio que nasce e deságua em território nacional e ter uma rica cultura.
A foz do rio São Francisco é destino certo no ecoturismo brasileiro. O encontro do Velho Chico com o mar de Alagoas, em Piaçabuçu, é uma das rotas mais procuradas, por conta da beleza de seu litoral e das dunas de areias, que os turistas aproveitam para praticar esportes como o duplo-deck. O município de Brejo Grande, em Sergipe, é outro ponto da foz que atrai ecoturistas, principalmente no verão.
Além de contribuir para a conscientização ambiental do rio São Francisco, o ecoturismo é uma fonte de renda para os moradores ribeirinhos. O aumento no número de visitantes nas cidades estimula a abertura de quiosques, pequenos restaurantes, pousadas, embarcações e ainda promove a sustentabilidade.